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Aus Hackerspace Ffm
/* Weitere Quellen */
* Wie man ein Sequenz mit der Software SnapGene laden und anschauen kann.
* Aus SnapGene Enzym Sequenz exportieren und mit Phyre2 das Protein berechnen.
* Mit Jmol das berechnet berechnete Protein in 3D anschauen.
Nach abwählen der oben beschriebenen Buttons müsste es so aussehen
[[Datei:snapgene_view_rna_overview.png|500px300px]]
Was wir mit SnapGene betrachten ist die RNA. Da der RNA quasi eine Bauanleitung des Virus ist, kann man auch die einzelne Bauanleitungen der Komponenten in der RNA finden. In den oberen Bild habe Ich die Kürzel der Komponenten im Klammer gesetzt. Beispiel "S" für den Spike. In SnapGene ist es auch mit S gekenzeichnet. Der Spike ist die Komponente was den Virus befähigt seine RNA ins Wirtszellen einzuschleusen.
[[Datei:snapgene_select_spike.jpgpng|500px]] So, jetzt schauen wir uns ein Feature von Covid genauer an. Ich wähle als Beispiel die Sequenz ORF3a aus. [[Datei:snapgene_select_orf3a.png|300px]] Danach könne wir uns die Sequenz unterschiedlich anschauen. Wir wechseln die Ansicht mit den Buttons unten Link. [[Datei:snapgene_view_modes.png|300px]] DNA Sequenz Ansicht von ORF3a. Ja eigentlich hat ja ein Virus nur ein RNA, aber diese software ist für DNA gedacht, ist aber nicht schlimm, die RNA ist die obere hälfte. [[Datei:snapgene_orf3a_DNA.png|300px]] Die Enzyme die durch die ORF3a Sequenz generiert wird. [[Datei:snapgene_orf3a_enzym.png|300px]] Feauture Informationen von ORF3a. Hier kopieren wir uns die "/translation" Komplet. Soweit Ich es verstanden habe ist es ein art G-Code für Enzyme. Diese brauchen wir für den nächsten Schritt. [[Datei:snapgene_orf3a_feature.png|300px]] Jetzt werden wir anhand der Enzym Sequenz von Covid's ORF3a diese durch ein Cloud Server uns das Endprodukt, ein Protein, berechnen lassen. Dazu öffnen wir folgende Seite. http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index Dort geben wir die Sequenz, und eine E-Mail Adresse an. Die E-Mail Adresse wird benötigt, da die Berechnung je nach Komplexität lange dauert. Bei ORF3a wurde nur ca. über eine Stunde geschätzt, da diese ein recht einfaches Protein ist. Beim Spike kann es über 8 Stunden dauern. [[Datei:phyre2_orf3a_feature.png|300px]] Wenns fertig ist, sieht es so aus [[Datei:phyre2_orf3a_feature_done.png|500px]] == Weitere Quellen == Eine Public Domain Nukleotidsequenz Datenbank und Tools für Influenza und hCoV-19 : https://www.gisaid.org Deeplink zu weltweite strain von hCoV-19: https://www.gisaid.org/phylodynamics/global/nextstrain/
